미천서원은 허목(許穆), 채제공(蔡濟恭)을 제향하는 서원으로 1690년(숙종 16) 창건하였다. 하목은 조선후기 문신으로 현종 연간 2차례 예송논쟁에서 남인의 영수로 송시열의 예론을 반박하였다. 성균관제조, 이조판서, 우의정 등을 역임했으며 1680년(숙종 6) 경신환국으로 서인이 집권하면서 파직되어 고향에서 후진 양성 및 학문 공부에 전념하였다. 채제공은 1743년(영조 19) 문과에 급제한 뒤 홍문관수찬‧교리, 예문관검열, 사간원헌납,사헌부집의 등을 역임했으며 사도세자의 스승이기도 했다. 이에 사도세자의 신원을 주장했으며 정조 역시 즉위 후 그를 중용하였다. 1788년(정조 12) 우의정, 2년 뒤 좌의정, 1793년(정조 17) 영의정이 되었다.
미천서원은 1690년 나주 유림들이 허목의 외가가 나주인 관계로 이 곳에서 출생하여 어린시절을 보냈다는 연고로 사우를 건립하게 되었다. 그 해에 청액소를 올렸으나 받아들여지지 않다가 1693년(숙종 19) ‘미천(眉泉)’으로 사액을 받았다. 1705년(숙종 31) 참판 심단(沈檀)이 초대 원장으로서 원중절목(院中節目) 18조항을 만들었다. 이후 1724(경종 4) 김상택(金相澤)이 미천서원을 남설서원으로 보고함에 따라 1714년(숙종 40) 갑오년 이후 창건된 사당은 철폐하라는 명을 내렸고, 이에 미천서원도 훼철되었다. 이후 1771년(영조 47) 채홍원(蔡弘遠)이 사우를 중건하고 1778년(정조 2) 채제공이 양사재를 중수하고 약 20여년간 원장을 지냈다. 이를 계기로 1799년(정조 23) 채제공이 사망한 그 해에 바로 추배하였다. 1804년(순조 4)에는 과거 1794년(정조 18) 왕명에 따라 그렸던 허목의 영정 3정 중 1정을 미천서원에도 봉안하였다. 1868년(고종 5) 흥선대원군의 서원철폐령으로 훼철되었다가 1892년 복설되었다. 1930년 강당 일부를 중수하고 미천서원 운영을 위해 조기중(曺基重) 등이 모현계(慕賢契)를 결성하였다. 이후 1937년 서원을 중수하고, 1985년 나주 남산시민공원 내에 있던 정열사를 대호동으로 옮길 때 한 동을 미천서원으로 이건하여 장판각으로 사용하였다. 1998년 장판각이 협소하여 맞은편에 같은 규모의 건물을 신축하였으며 1977년 10월 20일 전라남도 기념물 제29호로 지정되었다. 그리고 미천서원 소장 기언목판이 1999년 7월 5일 전라남도유형문화제 제217호로 지정되었다. 2021년 문화재지정번호가 폐지되면서 전라남도 기념물로 재지정되었다.

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위치 건립연도 제향인 기타 안내표

	위치	전남 나주시 미천서원길 14-22 (안창동)
	건립연도	1690
	제향인	허목, 채제공
	문화재 지정 표기	전라남도 기념물
	이칭 / 별칭
	기타	서원